Urodzony w rodzinie o muzycznych tradycjach. W 2011 roku ukończył z wyróżnieniem Akademię Muzyczną w Łodzi w klasie prof. Stanisława Firleja. W latach 2009 – 2012 kształcił się
również w Hochschule für Musik und Darstellende Kunst w Mannheim pod okiem prof. Michaela Flaksmana oraz prof. Jeleny Očić.
Jest założycielem i członkiem zespołu Polish Cello Quartet. W 2008 roku wraz z wybitnym polskim pianistą młodego pokolenia, Michałem Rotem, stworzył zespół Reger Duo. Zarówno Polish Cello Quartet jak i Reger Duo w ostatnich latach bardzo prężnie działają na terenie kraju oraz za granicą, rozpowszechniając mało znane dzieła kameralne różnych kompozytorów.
Jest koncertmistrzem grupy wiolonczel Polskiej Filharmonii Bałtyckiej w Gdańsku. W latach 2010-2012 Krzysztof Karpeta był koncertmistrzem w orkiestrze Mannheimer Philharmoniker. Był
również członkiem m.in. Landesjugendorchester Rheinland-Pfalz oraz Philharmonie der Nationen.
Jako solista występuje z orkiestrami w Polsce i za granicą. Krzysztof Karpeta działa aktywnie również na płaszczyźnie muzyki dawnej. Wspólnie z żoną tworzy duet gambowy Fernabucco, który regularnie współpracuje z wybitnymi artystami z całej
Europy.
Od 2014 roku wspólnie z zespołem Polish Cello Quartet co roku organizuje Międzynarodową Akademię Wiolonczelową w Nysie. MAW skupia wokół siebie wybitnych profesorów zza granicy i liczne grono młodych kursantów-wiolonczelistów, aktywnie promując przy tym twórczość kameralną napisaną na zespoły wiolonczelowe. W 2014 roku otrzymał wyróżnienie za wybitne osiągnięcia w dziedzinie sztuki przyznawane przez Kapitułę Stypendium im. Jerzego Grotowskiego, działającą w ramach Wrocławskiego Programu Stypendialnego. Prowadzi klasę wiolonczeli oraz kameralistyki na Akademii Muzycznej
we Wrocławiu, gdzie w 2017 roku uzyskał tytuł doktora.