Pochodzi ze Szczecina. Naukę gry na perkusji rozpoczęła w wieku 18 lat w klasie perkusji mgr Dariusza Jagiełło. W 2006 r. z wyróżnieniem ukończyła studia w Akademii Muzycznej im. F. Chopina w Warszawie. Studiowała także w Królewskim Konserwatorium Muzycznym w Kopenhadze, w klasie perkusji prof. Gerta Mortensena. Jest laureatką wielu konkursów, m.in. I miejsca na Ogólnopolskich Przesłuchaniach Perkusyjnych w Warszawie (2001 r.), I miejsca na Międzynarodowym Konkursie Perkusyjnym im. M. Stasiniewicza (2004 r.), Grand Prix oraz nagrody publiczności na Festiwalu Nowa Tradycja – (Kwadrofonik 2006 r.), Nagrody Prezydenta Miasta Stołecznego Warszawy – Lecha Kaczyńskiego (2004 r., 2006 r.). W 2009 roku Magdalena została finalistką prestiżowego IPCL Percussion Duo Competition Luxemburg, w 2013 roku z kolei otrzymała Nagrodę Specjalną podczas The Universe Marimba Competition w Sint-Truiden w Belgii (duet perkusyjny Hob-beats). Kilkakrotnie była stypendystką Towarzystwa Przyjaciół Szczecina, Ministra Kultury oraz Narodowego Centrum Kultury.

Droga artystyczna Magdaleny, to przede wszystkim muzyka kameralna XX i XXI wieku. Od 2002 r. współpracuje z Miłoszem Pękalą, z którym tworzą duet perkusyjny Hob-beats – obecnie PękalaIKordylasińskaIPękala. Zarówno solo jak i w duecie brała udział w wielu prestiżowych festiwalach i koncertach: Festiwal Muzyki Współczesnej – Warszawska Jesień, Unsound – Kraków, Kody – Lublin, Muzyka na szczytach – Zakopane, Festiwal Muzyki Współczesnej – Perm/Rosja, Słoweński Bazar – Witebsk/Białoruś, Crossdrumming Festival – Warszawa. W 2008 roku ukazała się pierwsza płyta duetu – Returning Sounds (DUX), na której znalazły się między innymi kompozycje napisane specjalnie dla Magdaleny i Miłosza. W 2017 roku ukazała się druga płyta duetu Utwory na perkusję i urządzenia elektroakustyczne, która spotkała się z uznaniem zarówno krytyków jak i publiczności.
Współpracowała zarówno z wybitnymi solistami (Marta Klimasara, John Beck, Emmanuel Sejourne, Steven Schick), zespołem Percussion Clavier de Lyon jak i orkiestrami (orkiestra Filharmonii Narodowej, Sinfonia Varsovia, Orkiestra Kameralna Amadeus, Polska Orkiestra Radiowa, Sinfonia Baltica, The Royal String Quartet, Polską Orkiestrą Radiową, orkiestrą Filharmonii w Szczecinie, Filharmonii Kaliskiej oraz Filharmonii Warmińsko-Mazurskiej).

Magdalena współtworzy również kwartet Kwadrofonik (dwa fortepiany, dwie perkusje), z którym koncertuje na całym świecie (Polska, Niemcy, Rosja, Brazylia, Izrael, Japonia) wykonując transkrypcje m.in. I. Strawiński Święto Wiosny, Pietruszka, własne kompozycje kwartetu – opracowania polskich melodii i pieśni ludowych – Folklove, Requiem Ludowe oraz utwory napisane w
XX i XXI wieku B. Bartok Sonata na dwa fortepiany i perkusję, G. Crumb Makrokosmos, R. Wallin Mandala, W.Z. Zych Różnia.
Płyta Folklove (Polskie Radio 2008) z udziałem Magdaleny Kordylasińskiej, została uznana za najlepszą płytę z muzyką folkową 2008 roku. Z kolei w 2014 otrzymała wraz z zespołem Kwadrofonik Złotą Płytę za album Lutosławski Tuwim, piosenki nie tylko dla dzieci, którą zespół nagrał wraz z Dorotą Miśkiewicz.

Magdalena prowadzi również działalność dydaktyczną. Od wielu lat jest nauczycielem w ZPSM nr 4 im. Karola Szymanowskiego w Warszawie a od lutego 2018 rozpoczęła współpracę z Akademią Sztuki w Szczecinie. Jako nauczyciel i muzyk koncertujący jest zapraszana do prowadzenia kursów i warsztatów perkusyjnych dla uczniów, studentów oraz nauczycieli.